济南市环境研究院是隶属于济南市环境保护局的公益二类事业单位，为国家自然科学基金依托单位。近年来，分别与中国科学院、中国环境科学研究院、环保部环境规划院、沈阳环境科学研究院、山东省环境规划研究院、山东大学、北京交通大学、北京科技大学等单位建立了战略合作伙伴关系，并挂牌成立了中科院地理科学与资源研究所“院士专家基层服务工作站”和山东大学环境科学与工程学院“学生实践基地”。